Cutrofiano ha origini medievali, anche se il suo territorio presenta segni di presenza umana fin da tempi molto più antichi.

Nel periodo romano un villaggio sorgeva poco distante dall'attuale abitato, nel sito detto oggi Badia, e numerose fattorie erano dislocate nella campagna circostante.

Il paese attuale è nato, invece, nel periodo bizantino, al centro di un'area ricca di argilla che, grazie anche all'abbondanza di acqua e di legna della vicina foresto, favoriva l'artigianato della terracotta.

E da questa attività artigianale, già molto diffusa in periodo medievale deriva il nome stesso del paese (dal greco Kutra=vaso).

Il casale di Cutrofiano si ingrandì nel corso del XIII secolo a spese dei casali circostanti e fu dotato di mura.Nel 1180 fu saccheggiato dai Turchi nel corso dell'assedio di Otranto.

Forse fu questa la causa dell'abbandono dell'abbazia medievale di Calahere, da cui deriva il toponimo Badia.

Successivamente Cutrofiano divenne feudo dei Del Doce che lo tennero per quasi due secoli, per poi cederlo, insieme alla vicina Sogliano, alla famiglia Filomarini.

Fino al 1860 Cutrofiano fu capoluogo di mandamento.