La cittadina, secondo un'antica leggenda,trae le sue origini da un gruppo di fuggiaschi che vi si erano rifugiati per ripararsi dalle incursioni dei Saraceni.

Il nome Alliste ricorda infatti le ali con cui l'Arcangelo Michele li avrebbe protetti durante la fuga.

Alliste conseguì l’autonomia giuridica nel XII secolo, allorché i Bonsecolo la fecero bonificare.

In seguito il feudo passò via via ai Pisanello, ai de Senis, ai Tolomei, ai Guevara, ai Pignatelli, ai d’Amore, agli Oliva di Calabria ed infine agli Scategna sino al 1806, data di abolizione della feudalità.

Il periodo di sviluppo del Centro Antico va dalla nascita fino al XV secolo; il centro storico dal XV alla metà del XVIII sec., l'espansione dalla metà del XVIII alla metà del XX sec.

In località Ninfeo, è tuttora visibile un menhir alto m. 2,60, attualmente incorporato in un muro a secco, che testimonia la presenza dell'uomo in queste zone, già a partire dalla preistoria.